>Никак не могу определиться как будет лучше: или для каждой ноды хранить свою базу сообщений или иметь общую базу сообщений и эх для всех нод.

если в рамках ноды, то если используешь реляционные субд, то одну базу с нормализацией, если nosql, лучше так же, но уже без нормализации в jsone спокойно хранить. В нескольких базах смысла нету, ноды всегда можно отличить как и эхи составным ключом нода.эха