> 1. Когда загружаются сообщения процесс загрузки выводится сразу в двух окнах: основном и окне отладки. Нужно ли последнее пользователю?

Если у пользователя медленный интернет (или он через прокси сидит), то окно отладки даёт понять, что клиент не висит, а работает. Особенно во время начальных запросов индекса.

И ещё: когда нода выдаёт необычную ошибку, то можно сделать скриншот этого окна, и сисоп быстрее разберётся, в чём причина.

> 2. Когда чищу базу сообщений окно отладки находится позади окна "дополнительные полезности" и на передний план его нельзя переместить.

Про эту особенность уже знаю, но пока не задумывался, что она может мешать =)
Это как-то связано с модальностью окон, попробую с этим разобраться.