Интересный метод, спасибо за ссылку! В инстед чате я как-то пропустил это обсуждение.

Я недавно дошёл к близкому подходу, использую Joplin (open source) для составления своих заметок и вписываю в ссылочную систему. Но, в статье хорошо описаны правила, как составлять заметку, чем она должна быть и чем нет. Теперь смотрю на это с другой стороны.

А вот до орг-мод всё никак не дойду освоить, к тому же emacs ещё не удалось встроить в ежедневные процессы. В комментариях к статье упоминался какой-то org-roam, я ещё вникать не стал, но может он является альтернативой deft? Там даже есть граф: The graph is generated from the link structure, and can be used to navigate to the respective files.