Сегодня появилось немножко свободного времени, и я решил таки разобраться со станцией

> Сабж. Ругается на базульку

Это обычно бывает, когда демон mariadb подыхает. Надо глянуть логи сервера

> Функция executeQuery вызывается довольно часто и туда педаются данные путем слияния строк, например
> Строка 285 файла transports.php

Специально прошерстил исходники на предмет сырых запросов.
Конкретно здесь ложная тревога. Ты, наверное, не заметил, что перед запуском этого кусочка кода сообщение эскейпится через prepareInsert, внутри которого вшит $db->real_escape_string
В getMessages эскейпится аналогично, в getMsgList и countMessages стоит жёсткий фильтр на все параметры внутри filter.php, так что зараза не пройдёт.

Не надо уж меня совсем дремучим говнокодером считать =)
Любые, даже начинающие, PHP-шники про SQL-инъекции думают сразу на стадии проектирования, и эта проблема съедает немалую часть времени на кодинг.

> Да, в пхп можно отключить вывод ошибок в браузер, что лучше сделать :)

Я его как раз специально включил, причём поставил самый verbose-уровень, чтобы быстро можно было понять, в чём проблема, и починить. Оно даже на варнинги бросает исключение и прерывает исполнение всего кода.