>Выглядит как будто эхи есть в конфиге, но отсутствуют в базе. Они у тебя точно сфетчены?

Да сфетчены, постоянно фетчер работает...

Или надо его запускать с какими-то параметрами, чтобы сделать что-то вроде первого инит?

Вот кусок лога фетчера...

./fetch-idec.sh  
Работа с https://ii-net.tk/ii/ii-point.php?q=/  
Получение списка возможностей ноды...  
Получение количества сообщений в конференциях...  
Получение индекса от ноды...  
Построение разностного индекса...  
Новых сообщений не обнаружено.  
Получение индекса файлэх.  
Построение разностного индекса.  
Работа с http://idec.spline-online.tk/  
Получение списка возможностей ноды...  
Получение количества сообщений в конференциях...  
Получение индекса от ноды...  
Построение разностного индекса...  
Новых сообщений не обнаружено.  
Получение индекса файлэх.  
Построение разностного индекса.  
Работа с http://ii.club.syscall.ru/  
Получение списка возможностей ноды...  
Получение количества сообщений в конференциях...  
Получение индекса от ноды...  
Построение разностного индекса...  
Новых сообщений не обнаружено.  
Получение индекса файлэх.  
Построение разностного индекса.