Цезий же сейчас, насколько помню пишет индексы и кэш msg взятый с ноды в бд sqlite? Или все опять изменилось. До этого помню сохраняло все в отдельные file, что кэш, что новые сообшения, что отправленные.

Если sqlite, то можно сделать запросы в нее в таблицы где багованный msg и drop сделать ему.

vmg, переустанови на чистую цезий, т.е. возьми текуший ТОЛЬКО файлы *.cfg и положи в новый чистый каталог caesium;
Должно пропасть твое избранное пустое msg.