vit01> Однако есть пара архитектурных проблем:
vit01> * фетч идёт с самого последнего сервера, который указан в конфиге (обнаружил, когда запускал скрипт отдельно)

Это не архитектурная проблема. Просто по сути своей этот фетчер задуман как универсальный и для каждой ноды нужен свой конфиг. Есть у меня мечта сделать удобный универсальный фетчер, но никак не могу придумать как лучше это сделать. Можно, конечно, научить его понимать конфиги а-ля цезий, но пока мне удобней показалось на каждую ноду держать отдельный файл.

vit01> * надо как-то узнавать, какое количество новых сообщений было скачано в ходе работы (или даже сами их айдишники) для удобной интеграции

Для интеграции с чем? Давай чтоль конкретный фичереквест, а то количество сообщений оно пишет на экран, но есть подозрение, что это не то.

Писать все msgid куда бы то ни было не вижу смысла, если честно. Разве что в дебаг-режиме для отлова кривых сообщений.