>По другой логике скачал я 1000 сообщений, требуется прочитать два последних, но потом вернуться к непрочитанным =)

Клиент в этом отношении тупой -- он помнит только указатель на локальные файлы индексов эхоконференций. Если клиент переедет на SQLite, то можно будет помечать каждое сообщение как прочитанное отдельно, прилепить поиск по произвольному набору символов в и много чего ещё вертеть-крутить, но с классической базой так быстрее и проще всего.