Вопрос снимается. Недочистил хук на пайтон после экспериментов с you complete me демоном. После удаления кривого хука и выставления

(setq org-src-preserve-indentation nil)
(setq org-edit-src-content-indentation 0)

в ~/.emacs проблема разрешилась и поведение стало ровно таким, как я хочу.

Всем спасибо :)