AL> Ну загружает толстый файл и играет его да. emms при этом может показывать текущую дорожку в минибуфер, ncmpcpp прямо в виде дорожек кидает в плейлист. То есть как-то это делают. Только не совсем понятно как.

Так все просто же. Оболочка сама парсит cue файл и добавляет из него треки в плейлист. При запуске трека она запускает толстый файл и перематывает его до места начала нужного трека (которое она берёт из того же cue). Главное подходящий cue как-то найти.