>> Это знает только автор. И то вряд ли вспомнит.

Да там всё в коде - читай нехочу, но только без поллитры в этих регекспах не разрбраться (мне):

                if (preg_match("/^====$/", $string[$i])) {
                        if (!$pre_flag) {
                                $pre_flag = true;
                                $string[$i] = preg_replace("/====/", "
====", $string[$i]);
                        } else {
                                $pre_flag = false;
                                $string[$i] = preg_replace("/====/", "====
", $string[$i]);
                        }
                }

А что тут разбираться? Может, кто-то пихает пробелы после ====? Ну так надо просто им напихать в панамку за это.

+++ Лично я вижу в этом перст судьбы – шли по лесу и встретили программиста.