>и обнаружил, что ни DBI, ни сам sqlite не поддерживают загрузку бинаря базы данных из RAM.

Да, я знаю про это. Вообще я думал попробовать так:
* Расшифровать базу в память - тут все норм
* Подсунуть базу драйверу sqlite как файл, т.е. через \$bd

>В таком случае БД придётся даже в зашифрованном виде хранить не в виде sqlite-файла, а в виде sql-дампа. Грустно и медленно, но зато 100% безопасно.
>Если тебя устроит данный способ взаимодействия, то могу форкнуть и приделать.

Если получится, то было бы круто =)