> не подаётся как система знаний, а лишь как последовательное изложение тех или иных сведений без связи друг с другом.

Чувствую, как у меня с института голова осталась набита, как склад без всякой логистики. Кладовщик метался по этому складу, пытаясь что-нибудь отыскать, но всякий раз опаздывал и клал найденное на первую попавшуюся полку. А навести порядок ему никак не давали )
Теперь стараюсь это сделать, насколько позволит время жизни.

> это вообще не позволяет связать знания в логичную систему и показать, как нужно мыслить и как нужно познавать мир. Это и учебников касается и программ.

Да. И гуманитарных наук касается, конечно же, тоже.