Сам про нормальный софт для такого не слышал, если честно, но в качестве обходного пути могу посоветовать нарисовать диаграммы в Inkscape (он умеет между объектами логические операции делать точно) или в любом другом векторном граф. редакторе, экспортировать и вставить в программу для построения ментальных карт, например, freemind или vym (у них очень красиво получаются графы, стрелки и связи).