>Работал в Emacs --nw и иногда не мог ничего скопировать/вставить по M-w или Ctrl+Shift+C.

Если есть иксы, то нет никакого смысла использовать консольный емакс

Anotheroneuser> Удалить -- удалил, но сессию не перезапустил.

Используй emacs server и emacsclient -с к нему. Будешь что-то такое глобальное делать - просто выполни systemctl --user restart emacs