Я разобрался в своей проблеме. Эти мои конференции подгружались с сервера из закладок. Закладки я создавал давно в другой программе и в них содержался только jid конференции без имени. Видимо поэтому mcabber выставлял им пустые имена. После переименования и пересохранения в закладках все нормально работает.