AL> Разница только в том, что apt рекомендуют разработчики дистрибутива

Только для интерактивного использования, в скриптах по прежнему надо использовать apt-get.

AL> а aptitude некоторые пользователи.

Разве aptitude не deprecated?

AL> Это меня несколько обескуражило именно тем, что apt, задуманный как сахар над apt-get и apt-cache не является сахаром над apt-mark и вообще игнорирует маркировку пакетов

Возможно просто в 16.04 старый апт и в нем нет этой функциональности. Попробуй посвежее, может там появилась эта фича.
Сам проверить не могу -- новых deb-based нету у меня.

+++ At work. idec.el/0.1