Сделал в сабже вот что:

* Инициализация дисплея для иксов теперь проходит только один раз
* В конфиге можно задавать самому задержку для проверки курсора
* Конфиг в самом начале не надо копировать вручную, программа сделает это сама
(вариант копирования из /usr/share/doc/ тоже работает)
* Теперь азот работает не на втором питоне, а на третьем

По первому пункту скажу, что после исправления сабж у меня исправно проработал около двух часов и никаких болезненных симптомов не показывал. Так что, видимо, проблема решена. Но протестировать всё равно надо.