WTorrent - это простой веб-гуй
Мне пришлось scgi-модули настраивать, чтобы всё получилось.

В качестве веб-сервера использую lighttpd, в конфигах надо в модули добавить

server.modules += ( "mod_scgi" )

И ещё зафигачить туда вот это:

scgi.server = (
 "/RPC2" => # RT_DIR
 ( "127.0.0.1" =>
  (
   "host" => "127.0.0.1", # Ip where rtorrent is listening
   "port" => 5000, # Port specified in .rtorrent.rc
   "check-local" => "disable"
  )
 )
)

Из дополнительных модулей PHP стоят php5-xmlrpc, php5-sqlite, php5-json и, может быть, что-то ещё.

А вот конфиг rtorrent

max_uploads = 8

download_rate = 0
upload_rate = 28
check_hash = yes

directory = /media/flashcard/
session = ~/.rtorrent.session/

schedule = watch_directory,5,5,load_start=/home/username/.rtorrent-files/*.torrent
schedule = low_diskspace,5,60,close_low_diskspace=100M

port_range = 6890-6999
port_random = yes

dht = auto
dht_port = 6881
peer_exchange = yes
scgi_port = localhost:5000
use_udp_trackers = yes