> Это понятно, но просто в цифровой книге бывает удобно делать заметки свои, поправки или дополнения.

для заметок и обсуждений лучше ii. сначала будут, наверное, неймспейсы, чтобы разные книги...

если это будет в рамках официального odii-клиента, где будет и ii, то там будут заметки (как и тэги) привязываться ко всем объектам, какие есть, от сообщений до страниц.

> Удобнее бы было, если бы серверные изменения скачивались в отдельную директорию, и при обновлении выдавался патч, часть которого можно было применить по своему желанию, а другую часть оставить своей. Но это не критично, а когда понадобится, я сам сделаю - это чуть-чуть в клиенте кода написать.

Это не чуть-чуть кода написать. Распределённая синхронизация возможна только одним способом, который используется во всех распределённых системах контроля версий. У этой же вещи - вообще другая идеология.